eclipseのDBモデリングツールclay
eclipseのデータベースモデリングツールclay
http://www.azzurri.co.jp/clay/index.jsp
無償版（Core Edition）と有償版（Pro Edition）があります。
有償版は、商用DBへの対応や、DB定義書出力、ダイアグラムが印刷などが可能になるみたい。
eclipse内でちゃちゃっと、DBのモデリングをして、SQL文を出力出来るので、個人的に利用してます。
リバースエンジニアリングしたりするには、JDBCドライバが必要。
おっと、あとGEF(ソフトウェアアップデートからインストール出来ると思うけど)も必要です。
ダイアグラムがIDEF1X表記でもIE表記でもないので、
ちょっと残念ですが、個人的に使うには十分です。
SQL文生成の際のオプションもいろいろあるし、
もちろん、インデックスも個別に編集出来るので、ある程度は好みの感じでSQL文が作れるのではないでしょうか。